With the advance of various genome projects and developments 

of high-throughput biotechnologies, 

a huge amount of genome-wide data are becoming available, 

ranging from genomic sequences of many species to microarray 

and proteomics observations. 

I will talk about some of our recent work in extracting features 

from biological sequences for understanding functions. 

Examples include the prediction of gene expression patterns,

an analysis of the role of histone acetylation on gene transcription rate, 

and an application of the generalized dictionary model 

for studying Chinese medicine prescriptions.