简介：
童贻刚，军事医学科学院微生物流行病研究所研究员、博士生导师，复旦大学遗传专业理学学士（1988），军事医学科学院理学博士（2000），加拿大卑诗大学（UBC）博士后（2003-2005）。2015年中国赴塞拉利昂第三批医疗队首席科学家。长期从事病原体高通量测序、细菌耐药基因传播机制及噬菌体研究。在Nature，PNAS，JV，EID等杂志发表了SCI论文80余篇。建立了多外显子cDNA直接克隆技术和利用高通量测序直接确定病毒基因组末端的算法。
随着人类改造自然的能力越来越强，人类面临的新发传染病的风险也越来越大，加之国际交流的极度频繁，新发传染病极易引起大规模的全球传播。二代测序及生物信息学作为一对新兴的技术，是当今生物学研究的强大工具，在新发传染病病原体分析和重大传染病疫情处置过程中具有重要的应用价值。在一代测序技术时代，SARS疫情曾经给中国乃至全世界造成了沉重打击。二代测序给我们提供了前所未有的强大工具来应对重大传染病疫情。近年来，本实验室利用二代测序和生物信息学分析技术参与了一系列重大传染病疫情的处置，从军队疫情到全国疫情，从国内疫情到国际疫情，从腺病毒、H1N1、H5N1、H7N9、埃博拉到寨卡，一方面用二代测序技术开展病原体筛查，另一方面利用二代测序和生物信息学开展病原体的全基因组分析，了解病原体特征及其进化与传播规律。由于研究对象的特殊性，二代测序技术在病原体研究方面与常规的二代测序方法有很大的区别，在病原体测序方面的主要技术难点是样品的处理和个性化的生物信息学分析。由于病原体在人体组织中的含量往往极低，而且病原体基因组的大小仅为人体基因组大小的千分之一甚至百万分之一，要想通过二代测序得到病原体的信息并非易事，而要得到非培养的原始标本中病原体的全基因组序列更是难上加难，因此标本的前处理技术十分关键，需要通过前处理尽可能去除宿主细胞和宿主核酸，并且对痕量的病原体核酸进行富集和扩增。由于病原体种类繁多，特性各异，对不同的病原体标本的前处理方法也要采用个性化的方法，对病原体的生物信息学分析也同样要根据不同的病原体类型和不同的分析目的采用不用的分析技术。 |
