科研院（英文名称：Research & Development Affairs Office）为学校行政职能部门，归口管理学校科研及相关工作。主要职责是：

（一）编制并组织实施学校科研相关规划，主责科研类校级制度建设工作。

（二）开展学校科研战略布局相关工作。组织开展科研发展战略研究，组织参与国家科技战略布局及科技政策制定相关工作，组织拟定学校科研战略布局方案。

（三）负责科研项目组织与管理工作。组织协调纵向、横向、海外等各类科研项目的申请工作，负责各类科研项目的合同审查、年度和中期检查、结题验收等全流程管理。负责对学校重大项目的专业化管理。负责项目跟踪调查及数据汇总上报相关工作。负责学校自主科研计划管理工作。负责科研档案管理制度的制定和实施监督工作。

（四）归口管理科研类（人文社科类除外）合同。

（五）组织开展与国家部委、地方政府、企业等的全方位科技合作。推动与境外相关机构和组织的科技合作与交流。

（六）负责科技奖励的申报、推荐工作，负责校级科技奖励的设立及组织评选相关工作。负责科技成果鉴定、登记工作。负责科技论文、科技期刊相关管理工作。

（七）归口负责科研机构建设和管理工作。

（八）负责国家杰出青年基金项目、国家优秀青年基金项目、中国科协青年人才托举工程项目、等人才项目的全过程管理。

（九）负责科研信息系统建设及科技统计相关工作。

（十）负责策划组织重要科技会议。

（十一）承担学术委员会、清华大学与企业合作委员会、自主科研计划领导小组、科研机构建设管理委员会、跨学科交叉研究工作领导小组等办事机构相关职责。

（十二）对挂靠机构先进技术院进行业务指导。

（十三）完成学校交办的其他任务。

科研院设下列内设机构：

（一）科研项目部。组织开展民口纵向（国家自然科学基金、国家重点研发计划、国家科技重大专项、北京市及部委科技计划）部署相关的战略研究；推荐民口纵向科技计划的专家推荐；拟订并具体组织实施民口纵向科研项目管理相关制度；负责民口纵向项目的策划、组织、申报、立项、年度及中期检查、结题验收等全过程管理工作；承担学校自主科研计划组织实施工作；负责主责项目的科研信息系统经费预算填报、调整审核以及经费认领、分拨和审核等工作。负责自主科研计划领导小组日常工作。负责科研项目档案立卷归档相关工作。

（二）科技开发部。组织开展校地、校企科技合作战略研究；负责起草并组织实施横向科研管理规章制度；负责推进学校与重点地区、重点企业的产学研合作；负责学校民口横向重大项目的策划、组织和协调工作；负责校企合作科研项目及地方科技计划项目管理相关工作；负责审核与管理国内横向科研合同及技术转让合同；负责二级单位横向科研合作备忘录备案；负责横向合作基金、技术创新联盟设立校内审批相关工作；配合机构管理办策划推动校地、校企联合研究科研机构的设立。负责清华大学与企业合作委员会（境内）办事机构日常事务。

（三）海外项目部。组织开展涉外科研合作战略研究；负责起草并组织实施涉外科研管理规章制度；负责开拓海外科技合作渠道，推进落实学校与全球行业龙头企业、知名大学、学术组织的科研战略合作；负责涉外科研合作项目、涉外联合研究机构的策划、组织与管理；负责审核与管理涉外横向科研合同；负责国家科技计划和部委的国际科研项目的组织、申报、立项、检查及结题验收等全过程管理。负责清华大学与企业合作委员会（境外）办事机构日常事务。负责二级单位涉外备忘录备案工作。

（四）科研机构管理办公室。组织开展科研机构管理战略研究；负责优化科研机构运行管理模式，制订科研机构管理制度，构建科研机构管理体系；承担学校重点布局的科研机构建设、运行与管理工作；负责政府批建科研机构、自主批建机构（包括跨学科交叉科研机构）、联合共建机构的设立、建设、运行、变更、评估、撤销等全生命周期管理工作；负责科研机构档案管理、科研机构信息系统建设；负责审核科研机构共建协议。承担科研机构建设管理委员会、跨学科交叉研究工作领导小组办事机构相关职责。

（五）科技成果与奖励办公室。组织开展国内外科技奖励发展战略研究；负责学校科技奖励体系建设；负责起草并组织实施学校科技奖励管理规章制度；负责国家科技奖励、省部级科技奖励、社会力量设立科技奖励的组织申报；负责科技成果鉴定、登记相关工作；负责科技论文统计和科技期刊管理以及新增科技期刊的规划与审批；负责科技成果、科技奖励相关数据统计。

（六）综合办公室。负责科研信息系统规划及运行管理工作；负责科研院对外交流的事务性工作，承担举办重要科技会议等具体工作。负责清华大学学术委员会秘书处日常工作。承担部门日常运转具体工作。

先进技术院（英文名称：Office of Advanced Technology）挂靠科研院。